Już pierwsi chrześcijanie mieli zwyczaj gromadzenia się na modlitwie i Eucharystii w miejscu śmierci męczennika. Z tej praktyki wyrósł w starożytnym Rzymie zwyczaj pielgrzymowania od jednego grobu męczennika do drugiego. Właśnie w Wielkim Poście.

Praktyka połączenia starej tradycji akurat z przygotowaniem do Wielkanocy narodziła się mniej więcej w tym samym czasie, w którym konkretnych, 40-dniowych ram nabierał Wielki Post. Było to ok. IV wieku. Uznano, że systematyczne odwiedzanie grobów kolejnych pochowanych w Rzymie męczenników jest dobrym pomysłem na przygotowanie do największych świąt chrześcijan.

W VI w. papież Grzegorz Wielki ustalił klasyczną kolejność stacji i skodyfikował, jak ma wyglądać celebracja w kościele stacyjnym.

Tradycja rodem z Rzymu zainspirowała wiele innych miast, które również chcą pomóc wiernym w przeżyciu Wielkiego Postu poprzez pielgrzymowanie do ważnych świątyń. Tak jest też w kilku dużych miastach w Polsce. Kościoły stacyjne działają w Warszawie, Krakowie, Poznaniu, Łodzi i Lublinie.